紺碧にポラリスは、小さな漁村に住むユイと、彼女の幼なじみである人魚のクジラの物語である。幼い頃に海で迷子になっていたクジラをユイが家に招き入れて以来、二人はずっと一緒に暮らしている。クジラは海に戻ることなく、陸上でユイと共に生活している。