悪の組織Σ団のリーダーである悪之宮博士は、恐ろしいサイボーグを操り世界征服を企んでいた。しかし、大門豊の正義の怒りが悪を憎み、電人ザボーガーを起動させて反撃を開始する。大門豊と電人ザボーガーは、悪之宮博士の野望を阻止できるのか。