秘密警察のエージェントである大門豊は、犯罪組織シグマのリーダーである悪之宮博士によって父親が殺害されたことを知り、日本へ帰国する。豊は父から、自身の命令に応える謎の金属ダイモニウムで造られたロボット戦士、電人ザボーガーを受け継ぐ。