「確率捜査官 御子柴岳人」は、停職処分を受けていた刑事、新妻朋希が特殊捜査対策室に再配属されるところから始まる。この部署には、類まれな美貌を持つ若き数学者、御子柴岳人が在籍しており、彼は確率論を用いて事件解決に挑む。