高床式少女は、古い神社に一人で暮らす神和泉潤が主人公の物語である。ある日、彼は意識不明の裸の少女を発見する。少女は未来から来たロボットだと主張し、未来の救世主である潤を守るためにタイムスリップしてきたと語る。