「バチカン奇跡調査官」は、バチカンの奇跡調査官として活躍する天才科学者・平賀・ヨーゼフ・庚と、暗号解読の専門家であるロベルト・ニコラスのコンビを描く。彼らは世界各地を巡り、報告される奇跡の真偽を科学的・論理的に調査する。
