「バチカン奇跡調査官」は、バチカンから派遣された奇跡調査官である天才科学者・平賀・ヨーゼフ・庚と、暗号解析のエキスパートであるロベルト・ニコラスの活躍を描く。彼らは世界中を旅し、各地で報告される奇跡の主張が本物であるか否かを調査する。