舞台は陰陽道と妖怪が跋扈する鎌倉時代。琵琶湖のほとりにある曇神社に、助けを求める子供が現れる。これをきっかけに、平里と牡丹の物語が始まる。『曇天に笑う 外伝』の後の時代を描き、二人の関係が完結へと向かう。