シカバネーゼは、過去のトラウマと劣等感に苦しむアルバイトの朝霧ヒナタが主人公の物語である。彼女は辛い現実から逃れるため集団自殺に参加するが、そこで予想外の出来事に遭遇し、死と生、そして自身の存在意義について深く向き合うことになる。